La malvarmiga aparato instalita sur la spindelo povas ŝajni esti tre malgranda parto de la tuta CNC-enkursigilo, sed ĝi povas influi la funkciadon de la tuta CNC-enkursigilo. Estas du specoj de malvarmigo por la spindelo. Unu estas akvomalvarmigo kaj la alia estas aera malvarmigo.