מערכת זרימת המים היא מערכת חשובה של צ'ילר תעשייתי, המורכבת בעיקר ממשאבה, מתג זרימה, חיישן זרימה, בדיקה טמפרטורה, שסתום סולנואיד, מסנן, מאייד ורכיבים אחרים. קצב הזרימה הוא הגורם הקריטי ביותר במערכת המים, וביצועיו משפיעים ישירות על אפקט הקירור ומהירות הקירור.