הנהלים התפעוליים של מכונות חריטה בלייזר וגם של מכונות חריטה CNC זהים. בעוד שמכונות חריטה בלייזר הן מבחינה טכנית סוג של מכונת חריטה ב-CNC, ישנם הבדלים משמעותיים בין השתיים. ההבחנות העיקריות הן עקרונות הפעלה, אלמנטים מבניים, יעילות עיבוד, דיוק עיבוד ומערכות קירור.