Quy trình vận hành của cả máy khắc laser và máy khắc CNC đều giống hệt nhau. Mặc dù máy khắc laser về mặt kỹ thuật là một loại máy khắc CNC, nhưng có sự khác biệt đáng kể giữa hai loại máy này. Sự khác biệt chính là nguyên tắc vận hành, các yếu tố cấu trúc, hiệu quả xử lý, độ chính xác xử lý và hệ thống làm mát.