הגנת עומס יתר ביחידות מקרר מים היא אמצעי בטיחות חיוני. השיטות העיקריות להתמודדות עם עומס יתר בצ'ילרים במים כוללות: בדיקת מצב העומס, בדיקת המנוע והמדחס, בדיקת נוזל הקירור, התאמת פרמטרים תפעוליים ויצירת קשר עם אנשי צוות כגון צוות לאחר המכירה של מפעל הצ'ילרים.